后来，海水开始退去，露出陆地;到距今约1.3亿年的在古代中期，地壳发生断裂，形成今天以莱阳为中心的胶莱内陆湖盆，当时崂山就位于这个盆地的东南。到了距今大约1亿年的白垩纪中期，在燕山运动的影响下，在海洋青岛断裂的东侧，有5期大规模的岩浆侵入地壳，在地壳深处慢慢冷凝成为花岗岩体，形成复式的崂山花岗岩。后来，这里历经沧桑变化，随着陆地的拾升，花岗岩中发育了以北东方向为主的几组断裂，同时覆盖其上的地层被剥蚀殆尽，最后花岗岩体露出地面并隆起，成为今天崂山的雏形。在崂山花岗岩出露后大约6000万年的漫长岁月里，它又经过流水和冰川等地球外应力的“雕琢”，终于造就了如今山的奇异峰峦，雄伟壮美的奇特景观。