住院期间，顾祝同的妻子儿女们终日陪伴左右，顾祝同在黄埔军校任教时的学生、老部下、老朋友黄杰正好住在隔壁病房，经常坐着轮椅过来看望他。
1987年1月17日凌晨4时20分，顾祝同在台湾“三军总医院”逝世，享年94岁。
历史评说
顾祝同是国民党赴台之后仍能得到蒋介石重用的极少数高级将领之一，在准黄埔元老中也是能得此重用的佼佼者，因其一生仕途通达，故有军中常青树之称。
抗战胜利后，准黄埔系有起有落，只有两个人不断上升，一个是陈诚，另一个便是顾祝同。顾祝同在抗日战场战绩平平，之所以受到蒋介石倚重，当源于对蒋介石的忠诚。
国共内战爆发后，顾祝同与所有国民党将领一样，败绩连连。但他仍受到蒋介石宠信，迁台后甚至被蒋介石圈定为蒋经国的“辅国大臣”。
何应钦作为顾祝同的老上级，用一句话概括了顾祝同与蒋介石之间的关系：“顾墨三百依百顺。” 而与顾祝同在第三战区打了多年交道的老同事兼老对手陈毅，则称“顾祝同长于政治工于心计，作战以稳健著称，却以奇谋为短”。