明武宗时候的晚清三案已经让朝廷内部斗争严重，进而导致了政治上的极端不稳定。朝廷内的党争使得大臣们宁可坐视国家乱亡，也不破除门户之见。在李自成攻克北京后，朱由崧南逃淮安，由凤阳总督马士英、阮大铖拥至南京称帝。他们以拥立之功升为内阁在学士兼兵部尚书，掌握朝政大权，并在朝中招纳贪官污吏，挟福王以令诸臣。这跟魏忠贤手下的崔呈秀，魏广微耍的老把戏差不多。
二、唠叨的士大夫
明朝的士大夫常常意气用事。对君主和宰相的举动督责的太严。朝廷有事的时候他们不能斟酌情理，婉言规劝。动不动就叫上朋友同仁参与争执，声讨君主的错位，使得皇帝恼羞成怒，没了回旋的余地。以此来博得一己名望。但这样做对国家毫无好处。比如宪宗时候孝庄皇后的合葬问题，世宗时期的大礼议，神宗时期张居正的夺情问题，都是显著的例子。
这些士大夫言辞苛刻、遇事生风、推测过深。他们给人家扣上的罪名，往往比人家实际的罪名要重的多。有一男子手持枣木棍，闯入太子朱常洛的慈庆宫，打伤守门太监，众大臣就一定要说这个人是郑贵妃主使的。李可灼是个庸医，用错了药，医死了病人，众大臣就说这是阴谋，大学士方从哲从中调停，众大臣就说方从哲有弑逆之罪。安土重迁也是人之常情，李选侍是个哦妇道人家，不想搬出乾清宫，杨涟就指责李选侍专擅。等到移宫以后，贾继春又上了一道奏疏，说是朝臣们在新君即位之时引导皇帝凌逼先帝妃嫔。说先帝尸骨未寒而侍妾先被驱逐等语。士大夫们像这样附会宫禁、捕风捉影形成了了积习，这导致统治阶级内部的党争愈演愈烈。