1940年，纳赛尔被派往苏丹，萨达特则被选中参加通讯兵团，驻扎在开罗以南几英里的马阿迪。萨达特开始以驻地为中心扩大与各军种军官的联系，秘密从事反英活动。在马阿迪有个名叫哈桑·伊兹特的空军军官正在学习通讯技术，他很快成为萨达特的密友，并介绍萨达特参加了空军中的一个秘密组织。这个组织希望同德国人取得联系，利用德军赶走英国人，而且他们认为这样做能为埃及赢得真正的独立。1942年，因为给德国间谍修理电台，萨达特和哈桑·伊兹特一同被捕入狱，并被开除军籍。1944年，萨达特越狱，转入地下活动。
在逃亡期间，萨达特不断变换伪装，从一个地方逃往另一个地方。父亲已经无力帮助他，他只好尽可能地找活干，以便养活妻小。1971年，萨达特在一次国家关于养老提案的发言中，情绪激动地对埃及议会说：“25年前，一个小姑娘因为父亲无钱给她买医生嘱咐的药而死去。”后来，据报纸透露，这位父亲就是萨达特本人。那时候的他，扛石头、开汽车，什么重活儿、苦活儿都干过，但仍然无法为妻女提供足够的衣食。
女儿病逝后，玛迪再也忍受不了贫穷的生活，坚决地和萨达特离婚了。
1945年9月，战争已经结束，戒严令也取消了，萨达特恢复了自己的真实身份。不久，这位不安分的青年人又开始参加秘密组织，开展暗杀活动。他认为华夫脱党党魁纳哈斯和法鲁克国王的财政大臣阿明·奥斯曼与英国人勾结最紧，因此决定除掉这两个人。纳哈斯几次侥幸逃脱死亡的追逐，阿明·奥斯曼则不大走运，饮弹毙命。萨达特由于从事刺杀活动而再次被捕，不过这时法鲁克国王与英国人有了矛盾，打算利用萨达特等人，因此为他们开脱责任。1948年7月，法庭经过4次审讯，最后宣布萨达特等11名被告无罪释放。报界对这个案子做了详尽报道，萨达特一下子成了人们心目中的反殖民英雄。