这场垄断官司以比尔·盖茨在欧洲败退而告终。虽然微软表示将遵守欧盟的裁决，推出无媒体播放器版的视窗操作系统，但是微软却拒绝执行向竞争对手公开视窗系统的部分代码。2006年7月12日，因微软没有完全执行欧盟裁决，欧盟宣布对微软再次处罚2.8亿欧元，并且警告微软，如果在限期内拒不执行将继续提高罚款额——将处以微软公司每天500万美元的罚款。
2007年10月22日，微软公司宣布同意遵守欧盟2004年的裁决，向竞争对手开放源代码，为其他软件开发者提供兼容技术信息，以便其软件产品能够与微软视窗操作系统充分兼容。至此，欧盟与微软之间的反垄断官司终于告一段落。
不久后，又有新的公司向欧盟委员会提交微软反垄断投诉。2007年12月17日，挪威欧普拉软件公司投诉微软浏览器绑定操作系统。欧盟接到投诉后，又开始对微软进行新一轮的垄断调查。2009年1月17日，欧盟对微软的反垄断调查有了初步的结果——欧盟委员指控微软在视窗操作系统中非法搭售IE浏览器。2009年4月28日，微软承诺将为Windows7提供封闭IE的拨动开关，但是这个承诺很快就被欧盟委员会驳回了。2009年10月7日，微软在欧洲市场为新的浏览器安装选择屏。同年12月18日，欧盟完成对此案的调查，欧洲的消费者将获得视窗系统上应用浏览器的选择权。微软将在欧洲境内在其操作系统中提供一个浏览器选择屏，而用户则可以自行选择自己喜欢的浏览器。