几个月后，曾国藩又被加授了协办大学士。慈禧的厚待，曾国藩是能够料到的，但是同时他也明白，自己的权位如日中天，渐渐高居众人之上，日后要想平安无事，需要更加谨慎。
慈禧太后的野心在辛酉政变后变得更加明显，她干预朝政，并且不满足于与别人分治。为取得清廷的绝对控制权，她施展阴谋逼迫奕诉下台，最终独揽大权。曾国藩见此情景不免胆颤心惊，他分析局势认为：奕诉贵为咸丰皇帝的亲弟弟、同治皇帝的亲叔叔，是血统纯正的皇亲贵族，竟不得善终，更何况自己一个外族大臣，自己的处境就好比站在了悬崖边上。
平定太平天国运动后，朝廷和湘军之间的风波基本平息，曾国荃不再归隐，于同治四年(1865年)再次踏人仕途，在湖北担任巡抚一职。当时的湖北总督是官文，因是满人，在官场上是春风得意。曾国荃对此人甚为不满，于是上奏，说官文是肃顺的余党，应该一并铲除。结果被御史佛尔国反参，说曾国荃图谋不轨，想诬陷官文，按照大清律法，应该将曾国荃议罪。后来，经过调查，官文的确与肃顺等人有关系，清廷才将曾国荃免过。不过，曾国荃的做法无疑得罪了清政府的权贵。如果曾国荃在日后出现疏忽之处，曾国藩肯定脱不了干系。为了让曾国荃日后谨慎，曾国藩写信开导。他在信中强调，为官之人，满汉有别。这一点不是一个人的力量可以改变的，要学会隐忍，学会适应。官场变幻莫测，稍不注意，便会有所闪失。得意的时候可能会一年升迁数次，而失势时又会一落千丈。曾国藩以古人为鉴，以今人为镜，将官场看得透彻而真切。