起初，康熙对外官与京官勾结行贿纳贿之事多采取教育警告的方法予以禁止，结果陋习相沿不改，低级文武官员仍然借年节生辰名目勒索兵民以馈送督抚提镇司道等官，而督抚提镇司道等又苛索属员以馈送在京部院大臣等官。因此康熙始下令严厉禁止：今后有仍蹈前辙者，“事发之日，授受之人一并从重治罪，必不姑贷”。为割断督抚与部院大臣之间的非法联系，康熙特别规定：凡督抚司道官员与在京大臣各官，彼此谒见、馈送，因事营求，以及指派家人问候往来者，将行贿者与受贿者一并革职；即使官员本人不知其事也降二级，而且将经手此事的双方家人一并正法。
康熙对督抚与部院堂官营求结纳、分树门户、处理政事丢弃原则的弊端更是深恶痛绝。山西巡抚穆尔赛贪酷至极，臭名昭著。即当康熙听到传言向大学士、九卿等询问穆尔赛居官如何时，满洲大学士勒德洪等人竟不据实陈奏，反而为穆尔赛百般解脱，以免处罚。康熙听后大怒，将勒德洪等人降级处分，穆尔赛拟绞监候，秋后处决。康熙还发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，不尽心堵筑，以致数年不能完工，费耗银粮无数”，其根源就在工部官员有意纵容。因此他亲自主持清查，历经数年，终于证实工部自尚书、侍郎以至分司官员，无不以勾结河工人员贪污河工经费为能事，实是一个大的贪污集团，于是分别予以惩处。由此他也进一步认识到查治部院大臣的重要性。他深有感触地对满洲尚书、侍郎等说：“天下百姓所依靠为生者在守令，守令是否贤良决定于布政使和按察使二司，而布按二司官是否贤能决定于督抚，督抚所为又决定于部院大臣。因此，如果部院大臣做事公正廉明，那么地方上自督抚以至州县官吏自然能成为勤政爱民的好官了。”