张之洞是书院改革的重要人物。他先后创办了五所书院，即湖北经心书院（1869）、四川尊经书院（1875）、山西令德书院（1885）、广州广雅书院（1888）和武昌两湖书院（1890）。这五所书院一个比一个更为注重西学的讲授和研究，反映了他思想的变化路程。其中广雅书院、两湖书院在当时各省著名书院之中，堪称规模宏大、成绩卓著的佼佼者。
广雅书院设于广州，最初开设经学、史学、性理之学、经济之学、词章之学，后改为经、史、理、文，把经济学、舆地学附于史学之中。史学中包括西学的某些内容，成为书院中最热门的课程之一。广雅书院对书院的办学方向有重大影响。
两湖书院改革了教学内容，将经、史、理、文四科改为经、史、天文、舆地、地图、算学六门。又将地图科改称兵法，分为三类：兵法史略学、兵法测绘学、兵法制造学。增设化学、博物、测量、军训和体操等课程。
中国书院制度，自宋迄清，历时千载，一直都是封建统治者培养通经博古之鸿儒硕学的场所，是为其封建统治服务的。时值晚清，书院处在巨大动荡变革的时代，适应社会需要而进行从课程到制度的诸种变革，其间英才辈出，造就了大量的摒弃科举功名而究心实学、思想进步的新式人才。与传统书院培养的人才相比，改革后的书院大异其趣，它们的不同是：