自从史可法不得不出外督师，弘光政府的实权就落到了马士英手中。按照中国的传统，每一朝的正史都会给奸臣们辟出专门的章节，《明史》中列入《奸臣传》的人不多，只有胡唯庸、严嵩及周延儒等数人，而马士英和他的好友阮大铖也是这不多的几个奸臣之一。
马士英字瑶草，贵阳人，原籍广西梧州藤县，和袁崇焕（有种说法认为袁是藤县人）是同乡，据说还是同一条街上的街坊。一条街上出了一正一邪两个大人物，也是一桩异事。就像说到昏君就必须说到荒淫，说到奸臣就必须说到狡诈一样，说到马士英，另一个必须说到的人物则是阮大铖。
万历四十四年，马士英以举子身份前往京师会试，与安徽怀宁人阮大铖订交，从此成为挚友。三年后，马士英中进士，授南京户部主事。天启时，历任严州、大同知府。崇祯五年，擢右佥都御史，巡抚宣府。到任不到一个月，马士英就贪污公款数千金，以赠朝中要人，被镇守太监王坤揭发，“坐遣戍”，只好流寓南京。在南京，他和早年的至交阮大铖不期而遇。