元朝建立了幅员辽阔的帝国，却为政暴虐，只存在了不到一个世纪的时间。
公元1368年，明军大将徐达率军攻入元大都后，明太祖朱元璋在应天（今南京）下诏，将元大都降为北平府。直到公元1403年，在靖难之役中取胜，夺得帝位的明成祖朱棣才将北平改为北京，再次确立其国都的地位。
明朝的北京城较元大都整体南移，但仍保持城市中轴线的主体格局。到明嘉靖年间北京外城开始修建时，一条贯穿紫禁城、北起钟鼓楼、南至永定门的城市中轴线愈发清晰可见，明北京内、外城由此构成“凸”字形的空间形态，影响至今。
大明“王气”萦绕北京三百多年，在一场悲情的英雄群戏中走向消亡。
公元1644年，明朝皇帝崇祯、农民起义军领袖李自成与当时清朝的实际掌权者多尔衮，在历经多年的博弈后，进入终局之战。
这一年，李自成带领他的军队进入北京城，崇祯皇帝眼见自己的王朝即将倾覆，拒绝大臣迁都的建议，用剑杀死了自己的几个家人，来到城中的煤山（今景山），自缢而死。最后一刻，身边只有一个忠心的太监跟随他。
李自成旋即建立大顺政权，但他的统治并没有维持多久。
同一年，深谋远虑的清摄政王多尔衮越过长城，得到明将吴三桂的暗中接应，从山海关迅速开进北京城。转眼间，李自成也被清军打败，骑马仓皇逃命，次年在湖北九宫山被杀。